31 марта 2006 года 371 муниципальное образование Вологодской области подписали учредительный договор о создании Ассоциации «Совет муниципальных образований Вологодской области», который положил начало работы.

Совет муниципальных образований Вологодской области действует в соответствии со ст. 66 Федерального закона от 6 октября 2003 года № 131-ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» и Федеральным законом от 12 января 1996 г № 7-ФЗ «О некоммерческих организациях».
Первым Председателем Совета муниципальных образований Вологодской области был Чирков Владимир Иванович, который 31 марта 2006 года был избран на эту должность. Владимир Иванович возглавлял Ассоциацию до апреля 2009 года. С 2006 по 2009 годы в должности исполнительного директора Ассоциации «Совет муниципальных образований Вологодской области» работал Иванов Александр Иванович. 11 октября 2009 года Александр Иванович был избран на должность главы Вашкинского муниципального района.
Членами – учредителями Совета с момента создания Ассоциации до 11 октября 2009 года являлись 371 муниципальное образование Вологодской области – это представители 26 муниципальных районов, 2 городских округов, 22 городских поселений и 321 сельского поселения.

В октябре 2009 года в ходе процесса объединения сельских поселений Вологодской области, в результате референдума и выборов на карте области появилось 44 новых муниципальных образования, в границах которых объединились 144 поселения. Количество сельских поселений уменьшилось до 251, что отразилось и на количестве членов Совета. С октября 2009 года по настоящее время членами Совета является 301 муниципальное образование области.

В настоящее время председателем Правления Совета является Гордеев Александр Васильевич, глава Вологодского муниципального района, который 9 апреля 2009 года на общем Собрании Совета муниципальных образований Вологодской области был избран на эту должность.

15 февраля  2010 года в г.Соколе состоялось собрание членов Совета муниципальных образований, на котором исполнительным директором Ассоциации был избран Колесников Александр Валентинович.